Periode 11 Maret 1966 sampai dengan 21 Mei 1998 (masa Orde Baru)

Kepemimpinan Presiden Soekarno dengan demokrasi terpimpinnya, akhirnya jatuh pada tahun 1966. Hal ini menandai berakhirnya masa Orde Lama dan digantikan oleh kekuatan baru, yang dikenal dengan sebutan Orde Baru. Soeharto muncul sebagai pemimpin Orde Baru yang siap untuk membangun kembali pemerintahan yang berdasarkan Pancasila dan Undang-Undang Dasar 1945 secara murni dan konsekuen. Prioritas utama yang dilakukan oleh pemerintahan Orde Baru bertumpu pada pembangunan ekonomi dan stabilitas nasional yang mantap. Ekses dari kebijakan tersebut adalah digunakannya pendekatan keamanan dalam rangka mengamankan pembangunan nasional. Oleh karena itu, jika terdapat pihak-pihak yang dinilai mengganggu stabilitas nasional, aparat keamanan akan menindaknya dengan tegas. Kelebihan dari sistem pemerintahan Orde Baru adalah sebagai berikut.

1) Perkembangan pendapatan per kapita masyarakat Indonesia yang pada tahun 1968 hanya 70 dollar Amerika Serikat dan pada 1996 telah mencapai lebih dari 1.000 dollar Amerika Serikat.
2) Suksesnya program transmigrasi.
3) Suksesnya program Keluarga Berencana.
4) Sukses memerangi buta huruf.

Akan tetapi, dalam perjalanan pemerintahannya, Orde Baru melakukan beberapa penyimpangan terhadap Pancasila dan Undang-Undang Dasar 1945. Beberapa penyimpangan konstitusional yang paling menonjol pada masa Pemerintahan Orde Baru sekaligus menjadi kelemahan sistem pemerintahan Orde Baru adalah sebagai berikut:

1) Bidang Ekonomi

Penyelengaraan ekonomi tidak didasarkan pada Pasal 33 Undang-Undang Dasar 1945. Terjadinya praktik monopoli ekonomi. Pembangunan ekonomi bersifat sentralistik sehingga terjadi jurang pemisah antara pusat dan daerah. Pembangunan ekonomi dilandasi oleh tekad untuk kepentingan individu.

2) Bidang Politik

Kekuasaan berada di tangan lembaga eksekutif. Presiden sebagai pelaksana undang-undang kedudukannya lebih dominan dibandingkan dengan lembaga legislatif. Pemerintahan bersifat sentralistik, berbagai keputusan disosialisasikan dengan sistem komando. Tidak ada kebebasan untuk mengkritik jalannya pemerintahan. Praktik kolusi, korupsi dan nepotisme (KKN) biasa terjadi yang tentunya merugikan perekonomian negara dan kepercayaan masyarakat.

3) Bidang hukum

Perundang-undangan yang mempunyai fungsi untuk membatasi kekuasaan presiden kurang memadai sehingga kesempatan ini memberi peluang terjadinya praktik KKN dalam pemerintahan. Supremasi hukum tidak dapat ditegakkan karena banyaknya oknum penegak hukum yang cenderung memihak pada orang tertentu sesuai kepentingan. Hukum bersifat kebal terhadap penguasa dan konglomerat yang dekat dengan penguasa. Segala penyimpangan yang disebutkan di atas telah melahirkan kekuasaan pemerintahan Orde Baru menjadi absolut. Hal itu mengakibatkan negara Indonesia terjerembab pada suatu keadaan krisis multidimensional. Kondisi yang mencemaskan ini telah membangkitkan gerakan reformasi menumbangkan rezim otoriter.

Akibatnya, pada tanggal 21 Mei 1998, Presiden Soeharto menyatakan mengundurkan diri. Sebagai gantinya, B.J. Habibie yang ketika itu menjabat sebagai wakil presiden dilantik sebagai Presiden RI yang ketiga. Masa jabatan Presiden B.J. Habibie berakhir setelah pertanggungjawabannya ditolak oleh Sidang Umum MPR pada tanggal 20 Oktober 1999.