Periode 21 Mei 1998-sekarang (masa reformasi)

Gejolak politik di era reformasi semakin mendorong usaha penegakan kedaulatan rakyat dan bertekad untuk mewujudkan pemerintahan yang bersih dari korupsi, kolusi dan nepotisme yang menghancurkan kehidupan bangsa dan negara. Perlu disusun pemerintahan yang konstitusional atau pemerintahan yang berdasarkan pada konstitusi yang bercirikan adanya pembatasan kekuasaan pemerintahan atau eksekutif dan jaminan atas hak asasi manusia dan hak-hak warga negara. Berdasarkan hal itu, dilakukan perubahan atau amandemen atas Undang-Undang Dasar 1945. Diharapkan dapat terbentuk sistem pemerintahan yang lebih baik dari yang sebelumnya. Amandemen atas UUD 1945 telah dilakukan oleh MPR sebanyak empat kali, yaitu pada tahun 1999, 2000, 2001, dan 2002. Perubahan tersebut telah mengubah peran dan hubungan presiden dengan DPR. Jika dulu presiden memiliki peranan yang dominan, maka kini Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 memberi peran yang lebih proporsional (berimbang) terhadap lembaga-lembaga negara. Begitu pula kontrol terhadap kekuasaan presiden menjadi lebih ketat. Selain itu, perubahan Undang-Undang Dasar 1945 juga mengubah struktur ketatanegaraan Indonesia. Untuk lebih jelasnya, berikut dipaparkan perubahanperubahan mendasar dalam ketatanegaraan Indonesia setelah perubahan Undang-Undang Dasar 1945, yaitu sebagai berikut:

1. Kedaulatan di tangan rakyat dan dilakukan menurut Undang-Undang Dasar (Pasal 1)
2. MPR merupakan lembaga bikameral, yaitu terdiri dari DPR dan DPD (Pasal 2)
3. Presiden dan Wakil Presiden dipilih langsung oleh rakyat (Pasal 6A)
4. Presiden memegang jabatan selama lima tahun dan dapat dipilih kembali untuk satu kali masa jabatan (Pasal 7)
5. Pencantuman hak asasi manusia (Pasal 28 A-28J)
6. Penghapusan DPA sebagai lembaga tinggi negara
7. Presiden bukan mandataris MPR
8. MPR tidak lagi menyusun GBHN
9. Pembentukan Mahkamah Konstitusi dan Komisi Yudisial (Pasal 24B dan 24C)
10. Anggaran pendidikan minimal 20 % (Pasal 31)
11. Negara kesatuan tidak boleh diubah (Pasal 37)
12. Penjelasan Undang-Undang Dasar 1945 dihapus